Белки, строение, свойства, значение

Содержание: 

1. Ведение

2. Вторичная структура  белка

3. Первичная структура  белка

4. Третичная структура  белка

5. Четвертичная  структура белка

6. Структурная организация  белков

7. Заключение

8. Используемая  литература

Ведение 

Для того чтобы выяснить, как устроены молекулы, образующие клетки, какова структура молекул, где  они находятся в клетке, мы сначала  вспомним строение клетки. Вспомнив, из чего состоит живая клетка, и какие  функции выполняют те или иные органеллы, мы сможем заполнить следующую  табличку. Оказывается, можно провести интересную аналогию с элементами, выполняющими схожие функции у живых  организмов и государств. Выделим  следующие функции: защиты (внешнюю  и внутреннюю); транспортную (веществ и информации); обеспечение клетки энергией и веществами; хранение и передача информации.

За внешнюю защиту у клеток отвечает клеточная мембрана; у организмов – кожа, когти, перья, шерсть; у государств – погранвойска. Внутреннюю защиту клеткам обеспечивает система рестрикции- модификации. Для  примера приведем бактериальную  клетку. У нее есть специальные  ферменты – рестриктазы (в пер. с  англ. «ограничивать»), которые разрезают  чужеродную ДНК. На собственных ДНК  есть специальные химические метки, чтобы рестриктазы смогли их распознать. У организмов в качестве внутренней защиты существует иммунная система, а  у государства – МВД, ФСК.

Структурные и функциональные аналогии в строении различных систем   

Обеспечением энергией в животных клетках занимаются митохондрии, а  в растительных – хлоропласты, в  организмах – пищеварительная и  дыхательная системы, в государстве  же – организации типа Газпрома и АЭС. Обеспечение клетки веществами идет благодаря трансмембранным  каналам, лизосомам, в организме  – пищеварительной системе, а  в государстве – сельскохозяйственной и др. промышленности.

Хранение и воспроизведение  информации на клеточном уровне идет в ядре посредством ДНК, в организме  эту функцию имеет мозг, центральная  нервная система, в стране – школы, библиотеки, культура, искусство.

Транспортируются  вещества в клетке благодаря эндоплазматической сети, в организме – желудочно-кишечному  тракту, дыхательной системе, крови; в стране – нефте- и газопроводам, транспорту. Что же касается передачи информации, то в клетке этим занимается матричная РНК; в организме –  нервы и гормоны (нервно-гуморальная  система). Причем хочется отметить, что нервную систему можно  сравнить с адресной доставкой (человек  может получить письмо лично, и никто  больше об этом не узнает), то есть по нервам можно доставить информацию очень  точно к определенной мышце или  определенному органу. А гормональную систему можно сравнить со СМИ, то есть она работает как система  всеобщего оповещения. В государстве  за информацию отвечают почта, телефонная сеть, Интернет и др.

Мы провели аналогию с хорошо известными системами (организм и государство), чтобы иметь более  абстрактное представление о  строении клетки.

В таблице добавлены  индийские касты. Касты возникли, как структуры, фиксирующие функциональные особенности разных слоев населения. Кшатрии (воины) выполняют функции  защиты; шудры (торговцы и ремесленники) – обеспечения питанием и энергией; брахманы (жрецы) – хранения и воспроизведения  информации, вайшьи (торговцы) – транспорт  вещества и информации.

Далее переходим  к изучению веществ, из которых состоит  клетка, и будем говорить о связи  структур и функций этих веществ.

Этот раздел есть во всех учебниках биохимии¹.

Основные атомы, составляющие живую клетку – это углерод, водород, кислород, азот и фосфор. Конечно, в  полимерах присутствуют и другие вещества (например, сера), но сейчас мы рассмотрим комбинации этих пяти элементов. Как вы знаете, образование биополимеров возможно благодаря тому, что углерод  четырехвалентен, способен образовывать 4 связи, и атомы углерода, связываясь друг с другом, могут образовывать длинные цепочки, состоящие из десятков атомов.

Белки 

Живой организм характеризуется высшей степенью упорядоченности составляющих его ингредиентов и уникальной структурной организацией, обеспечивающей как его фенотипические признаки, так и многообразие биологических функций. В этом структурно-функциональном единстве организмов, составляющем сущность жизни, белки (белковые тела) играют важнейшую роль, не заменяемую другими органическими соединениями.

Белки – это высокомолекулярные азотсодержащие органические вещества, молекулы которых построены из остатков аминокислот. Название «протеины» (от греч. protos – первый, важнейший), по-видимому, более точно отражает первостепенное биологическое значение этого класса веществ. Принятые в отечественной литературе термины «белки» и «белковые вещества» связаны с обнаружением в тканях животных и растений веществ, имеющих сходство с белком куриного яйца. В наше время, когда абсолютно достоверно установлено, что наследственная информация сосредоточена в молекуле ДНК клеток любых живых организмов, не вызывает сомнения, что только белки являются теми молекулярными инструментами, при помощи которых реализуется генетическая информация. Без белков, в частности ферментов, ДНК не может реплицироваться, не может самовоспроизводиться, т.е. лишена способности передавать генетическую информацию.

Начнем с белков. Белки состоят из мономеров –  аминокислот. Каждая аминокислота имеет  аминогруппу, связанную с атомом углерода, с этим же атомом связана  карбоксильная группа, водород и  аминокислотный остаток. Такая конфигурация присутствует во всех аминокислотах. Аминогруппа  может быть присоединена к первому  за карбоксильной группой атому  углерода, или ко второму атому  и т.д. Атомы нумеруются греческими буквами, и в зависимости от того, к какому по порядку атому присоединена аминокислота, ее называют альфа-аминокислота, или бета-аминокислота и т.д. В  состав белков входят только альфа-аминокислоты.² 
 

Напомним, что карбоксильная  группа имеет кислотный характер, она диссоциирует на ионы в водном растворе с образованием протона  и отрицательно заряженной группы СОО¯, а NH2–группа имеет основной характер, она способна присоединять протон водорода, становясь положительно заряженной. В молекуле аминокислоты протон от карбоксильной группы может переносится  на аминогруппу – такие образования  называются цвиттер-ионы. В растворе аминокислоты находятся в виде цвиттер-ионов.

Существенно, что  молекулы аминокислот могут отличаться в своей пространственной конфигурации. Это явление называется стереизомерией. Эти молекулы называются D- изомерами  и L- изомерами. Молекулы являются зеркальным отображением друг друга, и иначе, чем  через четвертое измерение они  одна в другую перейти не могут. На плоскости тот атом, который находится  ближе, перед плоскостью, изображается треугольной стрелкой, тот, что дальше, за плоскостью – пунктирной линией. 

В живом организме  все аминокислоты – L–изомеры. D-изомеры  встречаются довольно редко и  имеют определенные функции, например, могут входить в состав антибиотиков.

Всего живая клетка использует 20 аминокислот. Они отличаются строением боковой цепи, как видно  из рисунка, могут быть разветвленные  цепи, они могут содержать ароматические  кольца. Например, у пролина второй углеродный атом израсходовал все свободные  связи на ароматическую группу, и  поэтому он не обладает такой подвижностью относительно группы С-С, и поэтому  в белках, где есть пролин, вращение полипептидной цепи в этих участках ограниченно. 
 

Аминокислоты делят  на неполярные, то есть не имеющие заряда и не имеющие групп, которые можно  было бы ионизировать, полярные не заряженные и пять кислот относятся к заряженным: это 2 кислоты, которые содержат вторую карбоксильную группу, которая может  ионизироваться и нести на себе отрицательный  заряд, и три аминокислоты имеющие  дополнительные аминогруппы, которые  несут в растворах с собой  положительный заряд и используются в белках для того, чтобы зарядить необходимые части молекулы. Изменение  заряда белковой молекулы может оказать  большое влияние на структуру  и функцию.

Последовательность  аминокислот в белке составляет его первичную структуру.

Как же они соединяются? Аминокислоты способны взаимодействовать  друг с другом, образуя пептидную  связь. При этом молекула воды уходит, а углерод соединяется с азотом – собственно пептидная связь. Понятно, что следующая карбоксильная  группа может прореагировать с аминогруппой другой кислоты и таким образом  образуется полипептидная цепочка, что и называется первичной структурой белка. При записи первичной структуры  аминокислоты обозначают либо трехбуквенным  кодом, по первым трем буквам названия, либо используют однобуквенный код. В базах данных первичная структура  белка записывается обычно однобуквенным  кодом.

В зависимости от того, какие аминокислоты образовали цепочку, он может свернуться в пространстве и принять ту или иную пространственную структуру, которая называется вторичной  структурой белка. Полипептидная цепочка  сворачивается в пространстве в  различные структуры, например спираль  с определенными характеристиками, с определенным шагом (α-спираль), или  вытянутую структуру (β-структура). β– спирали могут взаимодействовать  между собой, образуя целые белковые листы. α- спирали образуют достаточно жесткие цилиндрические структуры. На рисунках альфа-спирали изображаются или как спиральные ленты или  как цилиндры, а бета-структуру  изображаются как плоские полосы.  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Первичная структура  белка 

К настоящему времени  расшифрована первичная структура  десятков тысяч разных белков, что  является несомненным достижением  биохимии. Однако это число ничтожно мало, если учесть, что в природе  около 1012 разнообразных белков. Во всех живых организмах первичная структура белка записана на молекуле ДНК³. Таким образом, ДНК держит под контролем весь организм, определяя спектр образующихся белков и, таким образом, возможные химические реакции. Под первичной структурой подразумевают порядок, последовательность расположения аминокислотных остатков в полипептидной цепи. Зная первичную структуру, местоположение каждого остатка аминокислоты, можно точно написать структурную формулу белковой молекулы, если она представлена одной полипептидной цепью. Если в состав белка входит несколько полипептидных цепей, объединенных в одну белковую молекулу посредством дисульфидных связей и нековалентных взаимодействий, или если одна полипептидная цепь содержит внутренние дисульфидные связи, то задача определения первичной структуры несколько осложняется, так как необходимо предварительное разъединение этих цепей и связей. Разъединение таких полипептидных цепей производят с помощью денатурирующих агентов (растворы 8М мочевины или 6М гуанидингидрохлорида), разрывающих нековалентные связи. Дисульфидные связи разрушают путем окисления или восстановления (надмуравьиной кислотой или β-меркаптоэтанолом соответственно), при этом образуются свободные полипептиды, содержащие или остатки цистеиновой кислоты, или цистеина: 

Для определения  первичной структуры отдельной, химически гомогенной полипептидной  цепи в первую очередь методами гидролиза  выясняют аминокислотный состав, точнее, соотношение каждой из 20 аминокислот  в образце гомогенного полипептида. Затем приступают к определению  химической природы концевых аминокислот  полипептидной цепи, содержащей одну свободную NH2-группу и одну свободную  СООН-группу. 

Что же заставляет белки  сворачиваться? В формировании вторичной  структуры принимают участие  гидрофобные взаимодействия, ионные взаимодействия, водородные связи и  ковалентные связи.

Гидрофобные взаимодействия. Как уже было сказано выше, существуют полярные и неполярные аминокислоты. Если в полипептидной цепи рядом  находятся гидрофобные аминокислоты (неполярные), то в водном растворе нерастворимые  в воде гидрофобные участки постараются  уйти от взаимодействия с водой, свернуться так, чтобы оказаться рядом и  укрыться от воды, образовать структуру  с минимальной потенциальной  энергией. Если рядом находятся заряженные аминокислотные остатки, то они будут  притягиваться в случае разноименных зарядов или отталкиваться в  случае одноименных зарядов. Поэтому  первичная структура белка, то есть, наличие гидрофобных или заряженных участков на полипептидной цепи, определяет то, как этот белок свернется. Или, если, к примеру, имеется пролин, то он будет держать соседние атомы  под определенным углом, определяя  тем самым их положение в пространстве.

Расположение элементов  вторичной структуры (альфа-спиралей и других элементов) в пространстве относительно друг друга называется третичной структурой белка.  

Но, кроме того, что  сам белок при попадании в  водный раствор примет ту конформацию, в которой он должен работать, в  клетке еще есть белки, которые называются шапероны (от слова shape - форма), которые  помогают другим белкам правильно сворачиваться. Если белки сворачиваются неправильно, то это может иметь катастрофические последствия. Несколько лет назад  в Европе была эпидемия коровьего  бешенства, и большое количество коров пришлось уничтожить. Коровье  бешенство (губчатая энцефалопатия  – мозг животного становится похож  на губку) вызывается не вирусом и  не бактерией, а особым клеточным  агентом – неправильно свернутым  белком. Этот белок приводит к образованию  в клетке конгломератов, то есть, белки  буквально выпадают в осадок, и  жизнь клетки нарушается, прежде всего, влияя на нервную систему. Это происходит потому, что белки, которые в норме в клетке взаимодействовали бы с этим белком, не могут этого сделать, так как он свернут неправильно, и поэтому клетка начинает неправильно функционировать. Таким образом, это болезнь неправильно свернутых белков. Эта эпидемия разразилась после того, как стали применять новую технологию переработки костной муки. При более низких температурах белки из костей больных животных, которые после переработки шли в качестве добавки к корму, перестали уничтожаться, а стали попадать в корм, вызвав тем самым эпидемию. Каким же образом неправильно свернутые белки попадают из пищеварительного тракта в мозг? Оказывается, что клеточные механизмы (ферменты протеазы), которые уничтожают отработанные белки, этот белок «угрызть» не могут. И прионные белки, не меняясь, могут очень долго сохраняться в организме. К тому же, некоторые белки устойчивы к воздействию температур.     

У людей есть аналог этой болезни. Это инфекционное заболевание  называется куру. Оно описано у  народов, имеющих привычку съедать  мозги умерших предков (из уважения к последним). В них как раз  и находились инфекционные белки. Это  так называемая медленная инфекция (белок ведь, в отличие от вируса, не размножается, а постепенно высаживает на себя другие клеточные белки, распространяя  вокруг себя плохую «привычку» неправильно  сворачиваться). Есть схожая болезнь  у овец скрейпи (характер такой же, просто дело в другом белке). И еще  есть наследственное заболевание, которое  называется синдром Крейтцфельда-Якоба. В одном из белков, который функционирует  в мозгах, происходит мутация. В других клетках этот белок также есть, но просто, в первую очередь, нарушения  сказываются на нервные ткани, так  как они эволюционно самые  молодые, и поэтому наиболее чувствительны  к любым нарушениям в функционировании клетки. Эта мутация не позволяет  белку правильно свернуться, и  поэтому у человека развиваются  все те же симптомы, что и при  коровьем бешенстве у животных.

Сейчас по первичной  структуре белка можно предсказать  многие элементы его вторичной структуры, то есть как белок свернется. Когда  были разработаны алгоритмы такого предсказания, устраивались соревнования, кто лучше предскажет структуру  белка. Например структура была известна по данным кристаллографии, но ее никому не показывали, и группы ученых , используя  свои алгоритмы, смотрели, чей алгоритм будет лучше.

На рисунке представлена первичная структура белка аполипопротеина  Е, он занимается транспортом холестерина, это человеческий белок. На рисунке  однобуквенным кодом записана последовательность аминокислот (первичная структура).  
 

Под первичной структурой представлена вторичная структура  белка, альфа-спиральные участки обозначены прямоугольниками. Над ними указаны  номера аминокислот (белок состоит  из 299 аминокислот). Пунктиром обозначен  участок, которые во время функционирования белка то расплетается, то опять  сворачивается. 

Ниже показана третичная  структура белка, то есть то, как  спирали расположены в пространстве и взаимодействуют друг с другом. У белка есть N – конец, это  та часть на которой находится  аминогруппа. Та сторона, на которой находится карбоксильная группа, называется соответственно С-конец.

Есть мутация в  этом белке, которая меняет заряд  одной аминокислоты. В результате меняются ионные взаимодействия внутри молекулы белка. Это меняет сродство белка к липидам разных классов. В результате повышается вероятность  развития старческого слабоумия, называемого  болезнью Альцгеймера. На этом примере, хорошо видно, как изменение одной  единственной аминокислоты может повлиять на функции белка.

На рисунке показано, как свернут белок. Arg-61, положительно заряженный, взаимодействует с отрицательно заряженной глутаминовой кислотой. Тут  образуется своеобразный мостик. Слева  на рисунке представлен белок, который  отличается одной мутацией от белка, изображенного справа. В нем происходит одна аминокислотная замена. Вместо нейтрального, незаряженного цистеина появляется положительно заряженный аргинин (Arg-112), с которым начинает взаимодействовать  с отрицательно заряженной глутаминовой кислотой (Glu-109), так как он расположен к глутаминовой кислоте ближе, чем  аргинин-61. Исчезает солевой мостик. Меняются взаимодействия внутри белка. Это приводит к тому, что меняет сродство к липидам. Его функция  заключается в переносе липидов. И он, вместо липопротеинов более  высокой плотности, начинает иметь  большее сродство полипротеинами меньшей  плотности. У людей с такой  мутацией более высокий уровень  холестерина и выше уровень риска  развития старческого слабоумия. Кстати, помимо физической нагрузки, профилактикой  развития старческого слабоумия  является умственная работа. Примерно 15% европейцев имеют такую мутацию, у бушменов же это число достигает 40% . Но им этот белок ничуть не мешает, а старческого слабоумия у  них не бывает вообще, так как  у них низко холестериновая диета  и много физических нагрузок. Им этот белок даже полезен, так как  холестерин им нужно запасать. У  людей же с западной «диетой» большое  содержание жиров, и «жадный» вариант  белка, дающий высокий уровень холестерина, становиться вредным. Холестерин нужен, но его не должно быть ни слишком  много, ни слишком мало. Таким образом, проявление изменений в первичной  структуре белка зависит от образа жизни.

Рентгеноструктурная кристаллография решает две главные  проблемы белковой химии: закономерности чередования последовательности аминокислотных остатков в полипептидной цепи и  закономерности конфигурации белковой молекулы.

Первые рентгенограммы белков, полученные еще в 30-х годах  У. Астбюри, а затем Л. Полингом и  Р. Кори, позволили установить наличие  в белках наряду с линейной полипептидной  цепью участков, определенным образом  скрученных.

Под вторичной структурой белка подразумевают конфигурацию полипептидной цепи, т. е. способ свертывания, скручивания (складывание, упаковка) полипептидной  цепи в спиральную или какую-либо другую конформацию. Процесс этот протекает  не хаотично, а в соответствии с  программой, заложенной в первичной  структуре. Подробно изучены две  основные конфигурации полипептидных  цепей, отвечающих структурным требованиям  и экспериментальным данным: -спирали и β-структуры.

Благодаря исследованиям  Л. Полинга наиболее вероятным типом  строения глобулярных белков принято  считать α-спираль. Закручивание полипептидной  цепи происходит по часовой стрелке (правый ход спирали), что обусловлено L-аминокислотным составом природных  белков. Движущей силой в возникновении  α-спиралей (так же как и β-структур) является способность аминокислот  к образованию водородных связей. В структуре α-спиралей открыт ряд  закономерностей. На каждый виток (шаг) спирали приходится 3,6 аминокислотных остатка. Шаг спирали (расстояние вдоль  оси) равен 0,54 нм на виток, а на один аминокислотный остаток приходится 0,15 нм. Угол подъема спирали 26°, через 5 витков спирали (18 аминокислотных остатков) структурная конфигурация полипептидной  цепи повторяется. Это означает, что  период повторяемости (или идентичности) α-спиральной структуры составляет 2,7 нм.

Для каждого белка  характерна определенная степень спирализации его полипептидной цепи. Степень  спирализации устанавливают путем  измерения удельного вращения плоскости  поляризованного света. Изменение  последнего находится в прямой зависимости  от степени спирализации белковой молекулы. Не все глобулярные белки спирализованы  на всем протяжении полипептидной цепи. В молекуле белка α-спиральные участки  чередуются с линейными. В частности, если α- и β-цепи гемоглобина спирализованы, например, на 75%, то лизоцима – на 42%, а пепсина – всего на 30%.

 Структура и  параметры α-спирали. 

Таким образом, стабильность вторичной структуры обеспечивается в основном водородными связями (определенный вклад вносят и главновалентные  связи – пептидные и дисульфидные).

Водородная связь  представляет собой слабое электростатическое притяжение (взаимодействие, связь) между  одним электроотрицательным атомом (например, кислородом или азотом) и водородным атомом, ковалентно связанным со вторым электроотрицательным атомом. Типы водородных связей представлены далее.

По современным  представлениям, водородная связь включает не только электростатические силы притяжения между полярными группами (взаимодействие атомов водорода с электроотрицательными  элементами: кислородом, азотом, хлором), но и электронные связи такого, же типа, как в ряде комплексных соединений. Водородные связи, являясь нековалентными, отличаются малой прочностью. Так, если для разрыва химических межатомных связей необходимо затратить от 84 до 8400 кДж, то для разрыва одной водородной связи требуется затратить всего, лишь 6,3 кДж на 1 моль. Поскольку в белковой молекуле число водородных связей очень велико (в образование водородных связей вовлечены все пептидные группы), они в сумме обеспечивают скручивание полипептидной цепи в спиральную структуру, сообщая ей компактность и стабильность.

Механизм возникновения  водородных связей в элементарной форме  может быть представлен на примере  взаимодействия двух молекул воды (диполи). В диполе воды, как известно, избыток  положительных зарядов приходится на атомы водорода, а избыток отрицательных  – на атомы кислорода. 

Благодаря особенностям строения атома водорода при достаточном  сближении двух молекул воды возникает  электростатическое взаимодействие между  атомом кислорода одной молекулы и атомом водорода второй молекулы воды. Следствием этого является ослабление связи между атомами водорода и кислорода в каждой молекуле воды и соответственно возникновение  новой, непрочной связи (отмечена пунктиром) между атомом водорода первой молекулы и атомом кислорода второй молекулы воды. Эту непрочную связь принято обозначать водородной связью.

В белковой молекуле наиболее важные водородные связи образуются между ковалентно связанным атомом водорода, несущим частичный положительный  заряд, и отрицательно заряженным ковалентно связанным атомом кислорода. Ниже представлены примеры водородных связей в белковой молекуле:

а) между пептидными цепями;

б) между двумя  гидроксильными группами;

в) между ионизированной СООН-группой и ОН-группой тирозина;

 г) между ОН-группой  серина и пептидной связью. 

В зависимости от химической природы атома-акцептора  водородные связи отличаются друг от друга степенью прочности. О количестве водородных связей в белковой молекуле судят по данным изотопного метода, в частности по времени обмена атомов водорода, участвующих в образовании  водородной связи, на дейтерий (при  обработке белка тяжелой водой D2O, в которой вместо обычного водорода содержится его тяжелый изотоп дейтерий).

Другой тип конфигурации полипептидных цепей, обнаруженный в белках волос, шелка, мышц и в  других фибриллярных белках, получил название β-структуры. В этом случае две или более линейные полипептидные цепи, расположенные параллельно или, чаще, антипараллельно, прочно связываются межцепочечными водородными связями между NH-и СО-группами соседних цепей, образуя структуру типа складчатого слоя. 

β-Структура полипептидных  цепей. 

В природе существуют белки, строение которых, однако, не соответствует  ни β-, ни α-структуре. Типичным примером таких белков является коллаген –  фибриллярный белок, составляющий основную массу соединительной ткани в организме человека и животных.